Była też w finale w San Diego (porażka z Venus Williams) i ćwierćfinale Mistrzostw WTA. Latem awansowała na najwyższe w karierze, czwarte miejsce w światowym zestawieniu singlistek.
Wraz z początkiem sezonu 2003 zerwała współpracę ze swoim ojcem, który coraz częściej był karany za niepoprawne zachowanie w miejscach publicznych, także na arenach tenisowych. Jej nowym trenerem został Chorwat Borna Bikić. Jej najlepszy wynik z tego roku to finał w Zurychu, przegrany z Justine Henin oraz półfinał w Warszawie, gdzie lepsza okazała się Amelie Mauresmo. W międzyczasie Dokić ponownie zmieniła barwy narodowe, gdyż w wyniku rozpadu Jugosławii powstało kilka nowych państw i tenisistka zaczęła reprezentować Serbię i Czarnogórę. Rok 2004 upłynął jej pod znakiem walki z kontuzją łokcia, która skutecznie zredukowała jej występy. W lutym osiągnęła półfinał w Tokio, ale potem seryjnie przegrywała kolejne mecze i w efekcie wypadła z czołowej setki rankingu WTA. W 2005 pojechała do Serbii, by odnowić swoje kontakty rodzinne, zakończyło się to jednak niepowodzeniem i w grudniu zdecydowała, że znów chce reprezentować Australię.