Federacja Australijska przyznała jej kilka dzikich kart do międzynarodowych turniejów WTA, ale Dokić ich nie wykorzystała, odpadając w pierwszych rundach. W efekcie w czerwcu 2006 była notowana nawet na 681. miejscu światowej listy. Dodatkowo zmagała się z problemami osobistymi - jej ojciec podał do mediów informację, jakoby została porwana przez własnego chłopaka. Zatrudniła nowego trenera, Nikolę Pilicia i trafiła do jego akademii. Miała nawet podpisać z akademią kontrakt, by pozostać tam na rok, ale ostatecznie zdecydowała się powrócić do swojego poprzedniego trenera, Borny Bikicia, gdyż Pilić oferował jej niesatysfakcjonujące warunki kontraktu. Dokić niemalże nie pojawiała się w oficjalnych turniejach, w 2007 wystąpiła tylko raz i przestała być klasyfikowana w rankingu WTA.
Powróciła zimą 2008, przeszła eliminacje i doszła do drugiej rundy w Hobarcie. Utracone punkty nadrabiałam skutecznymi startami w zawodach Międzynarodowej Federacji Tenisowej i pod koniec roku była już w drugiej setce światowych notowań. W styczniu 2009 awansowała do ćwierćfinału wielkoszlemowego Australian Open, pokonując po drodze Annę Czakwetadze, Caroline Wozniacki i Alisę Klejbanową, zatrzymując się dopiero na Dinarze Safinie. Po tym starcie powróciła do czołowej setki rankingu WTA singlistek.