Zajmował się też Henrykiem Kamieńskim, działalnością emigracji w dobie Wiosny Ludów. Opracował z Arturem Eisenbachem i Abrahamem Weinem tom dokumentów o udziale Żydów w powstaniu styczniowym. Publikował m.in. w „Przeglądzie Historycznym”, „Kwartalniku Historycznym” i „Biuletynie Żydowskiego Instytutu Historycznego”. Współpracował z Polskim Słownikiem Biograficznym, gdzie zamieścił 10 haseł, które do dziś zachowały wartość poznawcząMarek Gałęzowski, Fajnhauz, Dawid, [w:] Zostali na Wschodzie. Słownik inteligencji polskiej w ZSRS 1945–1991 (red. nauk. Adam Hlebowicz), Instytut Pamięci Narodowej, Warszawa 2021, s. 162.. Na fali antysemickich działań władz PRL Fajnhauz został zmuszony do przerwania pracy w IH PAN i opuszczenia Polski. 8 lutego 1969 r. udał się do Izraela, a później Stanów Zjednoczonych. Na emigracji współpracował z pismem „Teki Historyczne”, gdzie opublikował m.in. teksty Stoicyzm wielkiego wichrzyciela. Szymon Konarski w przeddzień stracenia (1972, t. 16) oraz Emigracja a postyczniowe próby wznowienia walk zbrojnych (1993, t. 20). Był współautorem wydanego w 1972 r. Pamiętnika wileńskiego, w którym zamieścił szkic Ludność żydowska na ziemiach dawnego Wielkiego Księstwa Litewskiego. W 1998 r. opublikował swoje najważniejsze dzieło – 1863. Litwa i Białoruś.