XX wieku obok ekspozycji muzealnej w klasztorze działały biura lokalnej administracji, komisariat milicji, bank, poczta i telegraf, magazyn (w XIX-wiecznym soborze), mieszkania.
Restytucja monasteru
W 1988 postanowiono urządzić w dawnym klasztorze centrum badań nad problemami architektury, z hotelem w dawnych celach mnichów oraz salami wystawową i kinową w soborze. W 1991 część zrujnowanego kompleksu została jednak przekazana Rosyjskiemu Kościołowi Prawosławnemu. W tym samym roku Bogolubowo odwiedził patriarcha moskiewski i całej Rusi Aleksy II. W monasterze zamieszkało 10 mnichów na czele ze schiiihumenem Nikodemem, którego rok później zastąpił archimandryta Hieronim (Dierkacz). W 1997 do Bogolubowa sprowadzono 60 mniszek i posłusznic z monasteru Przemienienia Pańskiego w Zadońsku oraz ich spowiednika archimandrytę Piotra (Kuczera). Wymieniona grupa mniszek i ich spowiednik opuścili klasztor w Zadońsku po konflikcie z jego przełożoną oraz biskupem woroneskim i lipieckim Metodym, a następnie przebywała w jurysdykcji niekanonicznej Wolnej Rosyjskiej Cerkwi Prawosławnej. W 1997 poświęcony został odnowiony sobór Bogolubowskiej Ikony Matki Bożej oraz cerkiew Zwiastowania, przeznaczona dla odprawiania nabożeństw w ciągu tygodnia.