Sezon 2 Magia zawitała do Storybrooke. Emma przywitała się z rodzicami, którzy tak jak inni mieszkańcy przypomnieli sobie kim są. Jednakże wskutek działania Golda i wysłanej na Reginę Zjawy, została zesłana wraz z matką do post-apokaliptycznego Zaczarowanego Lasu. Tam, po krótkotrwałych swarach, sprzymierzyły się z Aurorą i Mulan. W czwórkę musiały się przeciwstawić Killianowi „Hook” Jones współpracującemu z matką Reginy, Corą. Dzięki chwilowej wolcie kapitana Hooka, mogła razem z nim obrabować olbrzyma Antona z magicznego kompasu i magicznej fasolki. Dzięki temu ostatniemu i krótkiej walce, Emma z matką mogły powrócić do Storybrooke. Za nimi podążył jednak duet wrogów.
Powrót przywitał ich wiadomością o śmierci Archie Hoppera. Ta okazała się sfabrykowana, ale to wystarczyło by odtrącona Regina pojednała się z matką i wystąpiła przeciw Emmie z jej rodzicami. Emma powitała w mieście pierwszego obcego – Grega Mendell. Musiała też na kilka dni opuścić Storybrooke, gdyż była to winna panu Gold i zabrała ze sobą syna na poszukiwanie potomka Golda. Okazało się, że jest nim Baelfire/Neal Cassidy – ojciec Henry’ego i jej były chłopak. Tam Hook zaatakował Golda trucizną, przez co musieli się pozbyć pirata i po poznaniu Tamary – narzeczonej Neala – udać się do Storybrooke.