W jednym z zachowanych protokołów przesłuchań odnotowano jego słowa: „Walczyłem o nową Polskę, Polskę dla wszystkich”.
25 kwietnia 1951 roku został skazany przez Wojskowy Sąd Okręgowy nr IV na karę śmierci. Wyrok wykonano 30 sierpnia 1951 roku o godz. 20.00. w Więzieniu nr I przy ul. Kleczkowskiej we Wrocławiu. Po egzekucji ciało ppor. Bujaka pochowano w kwaterze 81 A na Cmentarzu Osobowickim we Wrocławiu obok kilkuset innych ofiar systemu stalinowskiego. Matka i siostra Mieczysława Bujaka, kilka tygodni po jego śmierci, doprowadziły do odkopania trumny i umieściły w niej zalakowaną butelkę z jego danymi osobowymi i informacjami na temat okoliczności jego śmierci.
Szczątki Mieczysława Bujaka ekshumowano w 2006 roku w wyniku prac prowadzonych przez Oddziałowe Biuro Edukacji Publicznej IPN we Wrocławiu. Podczas ekshumacji odnaleziono zakopaną butelkę z dwiema umieszczonymi w środku kartkami. Jedną z nich kończyły słowa: „...Zamordowany 30 sierpnia 1951 r. za to, że był Polakiem”. Jego śmierć nastąpiła w wyniku zastosowania katyńskiej metody uśmiercania – strzałem w potylicę oddanym z bliskiej odległości.
Ppor.