Pobyt w więzieniu Po dwóch nieudanych próbach przejęcia władzy w Bagdadzie, został aresztowany i trafił do izolatkiСаддам Хусейн: биография и годы правления – на сайте А. Семёнова «История войн и военных конфликтов», 2003.. Mimo odsiadki utrzymywał kontakt z partią Baas w Syrii oraz z przebywającym w areszcie domowym liderem irackich baasistów. W 1966 uciekł podczas transportu więźniów przez miasto. We wrześniu został wybrany zastępcą sekretarza generalnego irackiej Baas, Ahmada Hasana al-Bakra. Powierzono mu do prowadzenia specjalny aparat partyjny o nazwie Dżihaz Hanin – był to tajny aparat, składający się z najbardziej oddanych kadr. Husajn zajmował się wówczas sprawami wywiadu i kontrwywiadu oraz walką z sympatyzującymi z komunistami organizacjami studenckimi. Na krótko przed zwycięskim dla baasistów zamachem stanu w 1968, w partii doszło do starcia między skrzydłem syryjskim (lewicowym) a irackim (prawicowym). W wyniku wzmocnienia lewicy w Syrii fotel lidera stracił prawicowiec Aflak, który opuścił kraj i przeniósł się do Iraku, gdzie przyczynił się do triumfu sił prawicowych w partii. Umożliwiło to Husajnowi jako przedstawicielowi partyjnej prawicy dalszy awans w partyjnej hierarchiiMalik s. 34.. mały|Husajn wraz z kolegami w trakcie studiów w Kairze, przełom lat 50. i 60.
Rewolucja 1968 i okres współrządzenia u boku al-Bakra mały|skala|Saddam Husajn, 1974