W warunkach głębokiej konspiracji, zaczął tworzyć faktycznie nową partię. Na IV Kongresie Panarabskim partii w Damaszku wystąpił z przemówieniem, w którym poddał krytyce działalność Alego Saliha as-Sadiego, sekretarza generalnego irackiej partii Baas. Miesiąc później 11 listopada 1963 z rekomendacji Kongresu Panarabskiego (Narodowego), Regionalny Kongres irackiej partii zwolnił as-Sadiego ze stanowiska sekretarza generalnego partii, czyniąc go odpowiedzialnym za przestępstwa popełnione w miesiącach utrzymywania się baasistów u władzy. Działalność Saddama Husajna na Kongresie Panarabskim wywarła silne wrażenie na założycielu i sekretarzu generalnym partii Michelu Aflaku. Od tego czasu wytworzyły się między nimi silne więzi, które nie zostały zerwane aż do śmierci AflakaОстровцев А. А., Островцова М. А. Саддам Хусейн (ат-Тикрити) // Великие правители XX века. – М.: «Мартин», 2002. – С. 428–431. – .. W lutym 1964 panarabskie władze Baas postanowiły stworzyć nowe irackie kierownictwo partii składające się z pięciu osób, wśród których byli popularni w kraju generał Ahmad Hasan al-Bakr i Husajn, który to został zaproponowany w wytycznych AflakaMalik s. 33..