Po interwencji kapelana o. Kania oddelegował do tego zadania dwóch lub trzech ojców. Ostatecznie żaden z nich nie zdołał jednak dotrzeć do wyznaczonych placówek.
2-4 sierpnia wzdłuż osi ul. Wolskiej toczyły się zaciekłe walki pomiędzy żołnierzami AK i AL a pododdziałami niemieckiej Dywizji Pancerno-Spadochronowej „Hermann Göring”. W klasztorze zaczęli wówczas szukać schronienia mieszkańcy okolicznych domów. Ojciec rektor zdołał chwilowo odwieść powstańców od zajmowania stanowisk ogniowych w zabudowaniach kościoła i klasztoru. Niemniej klasztor i jego mieszkańcy ucierpieli na skutek walk. Rankiem 2 sierpnia niemiecki pocisk uderzył w ścianę kościoła koło zakrystii; oderwany kawał muru poważnie kontuzjował wówczas o. Władysława Malisza. Wieczorem 3 sierpnia, podczas wyprawy po żywność na ul. Okopową, został ranny w nogę br. Józef Poniewierski (Filip). 4 sierpnia niemiecki pocisk ponownie trafił w gmach kościoła, zabijając lub raniąc wielu uchodźców. W związku z rosnącym zagrożeniem dwóch lub trzech kleryków prawdopodobnie złożyło 2 sierpnia przyśpieszone śluby zakonne.