Od 26 sierpnia 1939 do 3 września 1939 osłaniał schrony na linii Warty, a następnie stosownie do rozkazu dowódcy Grupy Operacyjnej gen. dr. Romana Abrahama brał udział w osłonie odwrotu Wielkopolskiej Brygady Kawalerii wzdłuż Warty do miejscowości Lądek. Brał udział w bitwie nad Bzurą do 18 września 1939. Po bitwie, po forsowaniu Bzury przeszedł do Puszczy Kampinoskiej jako dowódca improwizowanego batalionu pod nazwą „Lej Mu”. Od 21 września 1939 brał udział w obronie Palmir. 22–23 września 1939 próbował przebić się do Warszawy, tam został ranny i kontuzjowany w okolicach Młocin. Od 23 września do 2 października 1939 przebywał w niewoli. 2 października 1939 uciekł z obozu przejściowego w Żyrardowie wraz z ppor. Jerzym Lewandowskim, ppor. Nowakiem oraz ppor. pilotem (N.N.). Nieudana próba organizowania podziemia w Poznaniu (Oddział Legii Akademickiej) zmusiła go do wyjazdu do Łodzi. Tam nawiązał kontakt z przedstawicielem Służby Zwycięstwa Polski/Związek Walki Zbrojnej majorem Kozłowskim ps. „Jastrzębiec”. Zmienił nazwisko na Aleksander Błyżnik ps. „Olek”, „Oleś”, „Piotr”, „Cedro” i inne. Współpracował z przedstawicielami wywiadu kpt. Miłkiem ps. „Mały Staszek”. Zorganizował grupę wywiadowczą o kryptonimie „Siedlecka”, działającą do maja 1942.

W 1940 wziął konspiracyjny ślub z Janiną Ziółkowska, ps.