Zarówno MB-3, jak i późniejsze MB-3A były używane w bardzo wówczas popularnych w Stanach Zjednoczonych wyścigach lotniczych. 25 listopada 1920 roku w zawodach Pulitzer Trophy wzięły udział dwa MB-3. Kapitan Harold Evans Harney lecący na drugim prototypie zdobył drugie miejsce, a pilotowany przez porucznika Leigha Wade'a trzeci prototyp nie ukończył wyścigu. Dobre wyniki MB-3 bez wątpienia wpłynęły na nieco późniejszą decyzję zakupu następnych 200 sztuk tego samolotu. Samoloty serii MB-3 brały udział w Pulitzer Trophy reprezentując USAAS do 1923 roku. Zbudowano także czysto wyścigową wersję samolotów MB-3 pod oznaczeniem Thomas-Morse MB-6.
Jeszcze przed dostawą pierwszych z 50 zamówionych samolotów, rozpisano konkurs na budowę następnych 200 sztuk tego modelu. Zgodnie z ówczesnym zwyczajem, kontrakt nie został automatycznie przyznany oryginalnemu przedsiębiorstwu, która początkowo dostarczyło dany typ samolotu, ale otrzymało go przedsiębiorstwo, która zaoferowało najniższą cenę (ówczesne zasady wymagały, by USAAS stawał się właścicielem wszystkich praw autorskich i intelektualnych związanych z zakupionymi nią samolotami).