W 2009 roku został szkoleniowcem drugoligowego SC Rheindorf Altach. Spędził tu trzy sezony, dwukrotnie poprowadził piłkarzy do 2. miejsca w końcowej tabeli, ale nie uzyskał promocji do austriackiej ekstraklasy (awans wywalczyli jedynie liderzy końcowej klasyfikacji). Hütter stanął następnie na czele SV Grödig. Jego podopieczni po roku zapewnili sobie grę w Bundeslidze i w sezonie 2013/2014 zajęli wysokie, trzecie miejsce, gwarantujące start w Lidze Europy. Był to największy sukces w historii prowincjonalnej drużyny z siedzibą nieopodal Salzburga.
12 maja 2014 roku Adi Hütter został mianowany nowym trenerem ówczesnego mistrza kraju, Red Bulla Salzburg. Podpisał dwuletnią umowę. Zastąpił na tym stanowisku Rogera Schmidta, który przeniósł się do Niemiec i objął wakat w Bayerze 04 Leverkusen. Pomimo zdobycia dubletu Hütter i Salzburg rozwiązali kontrakt za obopólną zgodą w czerwcu 2015 roku.
We wrześniu 2015 roku objął stanowisko trenera w BSC Young Boys.
16 maja 2018 roku Hütter został ogłoszony nowym trenerem Eintrachtu Frankfurt, gdzie zastąpił Niko Kovaca. Kontrakt podpisał do 2021 roku. Jego pierwszym meczem było spotkanie Superpucharu Niemiec przeciwko Bayernowi (0:5).