Po wybuchu II wojny światowej 1939 uczestniczył w kampanii wrześniowej wraz z macierzystą 27 Dywizją Piechoty (m.in. w bitwie pod Płockiem, w walkach pod Łąckiem, Dobrzykowem). Po nastaniu okupacji niemieckiej zaangażował się w działalność konspiracyjną w Związku Walki Zbrojnej, a od 1942 w Armii Krajowej. Był Inspektorem Komendy Głównej ZWZ-AK od 1941 do 1943 lub połowy 1944 (używał pseudonimów: „Czesław”, „Rudolf”, „Wujek”). W swojej funkcji wizytował Okręg Lwów AK. W lipcu 1944 został dowódcą 7 Dywizji Piechoty AK „Orzeł”, utworzonej przez Inspektorat Częstochowa AK (Okręg AK Radom-Kielce), sformowanej w lipcu 1944 i wchodzącej w skład Kieleckiego Korpusu Armii Krajowej. Jednostka brała udział w ramach akcji „Burza”.

Samozwańczy Prezydent Wolnej Polski na Wychodźstwie (z lat 1972–1990) Juliusz Nowina-Sokolnicki 20 lutego 1978 mianował Gwidona Kawińskiego pośmiertnie do stopnia generała brygady ze starszeństwem od 1 stycznia 1945.

Zmarł 23 lipca 1962 roku w Rzeszowie.