Natomiast zastosowanie zasady podwójnego skutku dopuszcza w pewnych warunkach przerwanie ciąży. Uzasadnia choćby salpingektomię wraz z zagnieżdżoną w jajowodzie ciążą pozamaciczną, jeśli przerwanie ciąży byłoby tylko przewidywanym, ale nie pożądanym skutkiem operacji. Dyskusyjnym przypadkiem zaś jest, gdy zamiast salpingektomii wykona się niewielką resekcję jajowodu, obejmującą jedynie miejsce implantacji lub też usunie się sam zarodek (salpingostomia/salpingotomia). Śmierć zarodka staje się tutaj według niektórych środkiem uzyskania pożądanego skutku, a według innych jest, choć nieuniknionym, to jednak ubocznym efektem jego usunięcia. Podważa się również proporcjonalność takiego postępowania i jego konieczność, jeśli można wykonać większą resekcję. Podobny problem tyczy się farmakoterapii ciąży ektopowej metotreksatem, często negatywnie ocenianej z perspektywy zasady podwójnego skutku, choć także poddawanej dyskusjom.