Samolot wypchnięto z miejsca postojowego C19 przy Terminalu C o godzinie 7:58, dwie minuty przed rozkładowym czasem wylotu. Start z lotniska w Bostonie nastąpił o 8:14. Podczas wznoszenia piloci usłyszeli przez radio „podejrzaną transmisję”, w której według załogi lotu 175 miały paść słowa „zostańcie wszyscy na miejscach” – jej autorem był Muhammad Atta, pilot-porywacz lotu 11 American Airlines. O fakcie poinformowali kontrolę ruchu lotniczego w Nowym Jorku o godz. 8:41. Był to jednocześnie ostatni kontakt kontroli ruchu lotniczego z samolotem.
Porwanie Między 8:42 a 8:46 porywacze zaatakowali załogę i pasażerów samolotu. Fayez Banihammad i Mohand al-Shehri dostali się do kokpitu i zamordowali pilotów, umożliwiając al-Shehhiemu przejęcie sterów, natomiast bracia al-Ghamdi wypędzili pasażerów do tyłu samolotu, grożąc, że wysadzą samolot bombą. Zaatakowani zostali również inni członkowie załogi z przodu samolotu.