Jan Pajkert (ur. 21 czerwca 1887 w Radomiu, zm. 24 października 1964 w Grodzisku Mazowieckim) – polski duchowny rzymskokatolicki, kanonik, szambelan papieski, Naczelny Kapelan Wojska Polskiego.
Życiorys Syn Józefa i Rozalii z domu Burhardt. Absolwent Szkoły Lorentza w Radomiu. Kształcił się w Seminarium Duchownym w Sandomierzu. W 1912 otrzymał sakrament święceń, udzielony przez bp. Mariana Józefa Ryxa i w tym roku został wikariuszem w Siennie, po czym pełnił tę funkcję w Goźlicach i Koprzywnicy.
Po wybuchu I wojny światowej, za pozwoleniem biskupa, ochotniczo zgłosił się do pełnienia funkcji duszpasterskiej dla Polaków (w liczbie ok. 10 tys.) służących w 75 Dywizji Strzeleckiej. 4 grudnia 1917 został mianowany dziekanem generalnego I Korpusu Polskiego w Rosji. 5 lutego 1918 r. podczas walk z bolszewikami o Osipowicze (na zachód od Bobrujska) dziekan ks. Pajkert podniósł polskich żołnierzy na duchu po nieudanym przeciwnatarciu, pomógł przełamać kryzys w szeregach, a po zajęciu miasta uchronił ludność przed odwetem wzburzonych żołnierzyJ.Odziemkowski: op. cit., s. 37–38.. Po demobilizacji I Korpusu, w maju 1918 powrócił do macierzystej diecezji sandomierskiej, a w lipcu został kapelanem miejscowego Szpitala Św. Kazimierza w Radomiu został naczelnym kapelanem żołnierzy polskich w jednostkach Polskiej Siły Zbrojnej.