Park Narodowy Riły jest jednym z największych i najcenniejszych obszarów chronionych w Europie. Międzynarodowa Unia Ochrony Przyrody (IUCN) zaklasyfikowała park w kategorii II. Dwa z czterech rezerwatów przyrody są ujęte w wykazie ONZ Reprezentatywnych Obszarów Chronionych, a wszystkie cztery są wliczone do Światowej Sieci Rezerwatów Biosfery UNESCO.
Na terenie Parku Narodowego Riły występuje 1400 gatunków roślin, spośród których 98 znajduje się w Czerwonej księdze gatunków zagrożonych, zaś 3 z nich to endemity. Większość terytorium parku jest pokryta gęstymi lasami świerkowymi, przede wszystkim białej jodły i sosny. Spośród 141 gatunków roślin leczniczych, 20 jest wymienionych w Czerwonej Księgi, a 8 jest chronionych innymi przepisami o ochronie środowiska. Park Narodowy Riły jest miejscem występowania 282 gatunków mchów, 233 gatunków grzybów i 130 gatunków glonów słodkowodnych.