Aby zwiększyć „skuteczność” w zapisach ludności (wymuszana współpraca) zaczął stosować terror.
26 stycznia 1945 roku miasto zostało zajęte przez jednostki 70 armii II Frontu Ukraińskiego. Podczas walk zginęło 374 żołnierzy radzieckichRada Ochrony Pomników Walki i Męczeństwa ”Przewodnik po upamiętnionych miejscach walk i męczeństwa lata wojny 1939- 1945", Sport i Turystyka 1988, , str. 755.
Po 1945 thumb|Bazylika konkatedralna św. Trójcy z prowizoryczną wieżą w 1969 roku.|lewo thumb|Odbudowa wieży kościoła pokatedralnego (wówczas kolegiaty) podjęta w 1969 roku. thumb|Cukrownia w Chełmży Bezpośrednio po wojnie na podstawie powierzchownego oskarżenia o kolaborację, albo i bez takich podstaw 600 mieszkańców Chełmży zostało wywiezionych na Syberię. Większość osób z tej grupy nie powróciła do swoich domówWojciech Michalak; „Wyzwolenia” Chełmży ciąg dalszy [w:] „Głos Chełmżyński” nr 3, 7 / 8, 2006.
Dzięki zdecydowanej postawie tymczasowych władz miasta nie nastąpiło zdemontowanie i wywiezienie maszyn z cukrowni, stanowiącej główny zakład przemysłowy miasta, w 1952 rozbudowanej w kombinat cukrowniczyWojciech Jankowski, Mały przewodnik po Polsce, Wydawnictwo Sport i Turystyk Warszawa 1983 s.