Nieprzejednana postawa w dyskusjach sprawiła, że początkowe łagodne traktowanie uległo zmianie i przewieziony został do londyńskiego więzienia Marshalsea, gdzie poddawano go torturom.
W odpowiedzi na wcześniej złożoną prośbę Henry Garnet pełniący obowiązki superiora wydał zgodę na przyjęcie do Towarzystwa Jezusowego, a profesję zakonną Jan Cornelius złożył w obecności współwięźniów.
2 lipca 1594 roku wydano wyrok za potajemne prowadzenie duszpasterstwa prowadzące do konwersji na katolicyzm traktowane jako zdrada stanu, wykonany dwa dni później w Dorchester przez powieszenie i poćwiartowanie.
Beatyfikacji dokonał papież Pius XI 15 grudnia 1929 roku w Rzymie, wraz z trzema towarzyszami męczeństwa: Tomaszem Bosgrave'em, Janem Careyem i Patrykiem Salmonem.
Dzienna rocznica śmierci jest dniem, kiedy wspominany jest w Kościele katolickim, jezuici także 1 grudnia. Patronuje zakonnikom Towarzystwa Jezusowego hrabstwa Dorset.
Pod Chideock, na miejscu gdzie wznosił się zamek stoi krzyż upamiętniający tzw. „Męczenników z Chideock”, a kościół pw. „Naszej Pani Królowej Męczenników i św.