Lodowce thumb|300px|Widok na lodowiec Castaño Overa thumb|300px|Lodowiec Ventisquero Negro Tronador jest znany z wielu lodowców pokrywających część jego stoków. Rozróżnia się osiem lodowców: Alerce, Ventisquero Negro, Casa Pangue, Castaño Overa, Río Blanco, Frías, Peulla i Manso. W ciągu ostatnich dziesięcioleci lodowce Tronadora, podobnie jak większość południowoandyjskich lodowców, cofają się. Lodowiec Casa Pangue na północno-zachodnim zboczu zmniejszył grubość w latach 1961–1998 wraz ze zwiększoną prędkością cofania w latach 1981–1998, wynoszącą 52 m/rok. Cofanie i zmniejszanie grubości spowodowane jest spadkiem ilości opadów i ociepleniem górnej troposfery w ostatnich dekadach.
Lodowiec Alerce po stronie argentyńskiej może być zwiedzany z Refugio Otto Meiling, górskiego schroniska położonego między nim a lodowcem Castaño Overa. Castaño Overa, również po argentyńskiej stronie, jest mniejszy i dostępny także szlakiem od strony Pampa Linda. Wycieczki z przewodnikiem pozwalają turystom przejść przez Castaño Overa lub wejść na szczyt Tronadora.