17 czerwca 1968 roku, w zakładach McDonnell Douglas w Long Beach w Kalifornii, miała miejsce uroczystość roll-out gotowego egzemplarza C-9A. 10 sierpnia tego samego roku, pierwszy z zamówionych samolotów o numerze 67-22584, za sterami którego siedział generał Howell Marion Estes Jr, dowódca Military Airlift Command, wylądował w Scott Air Force Base. Ostatni z przyjętych do linii 21 C-9A trafił do służby w lutym 1973 roku. Maszyny służyły w siłach powietrznych do 2005 roku, kiedy to został wycofany ostatni z samolotów.
VC-9C Wykorzystywana do przewozu ważnych osobistości przez US Air Force wersja samolotu DC-9-32. Trzy maszyny tego typu, wyposażone w wojskowe systemy łączności oraz identyfikacji, dostarczono w 1975 roku. W 1977 roku zmieniono ich oznaczenie na C-9C. Samolot mógł przewozić na swoim pokładzie kilku głównych pasażerów, którzy mieli do swojej dyspozycji kabinę typu „salonka” oraz 40 osób im towarzyszących. Maszyna dysponowała zasięgiem wynoszącym 2775 km.