2005–2008 W 2005 roku Schnyder ponownie zaczęła być bardzo znaczącą postacią w kobiecym tenisie. W pierwszym turniejowym starcie w sezonie odniosła zwycięstwo, pokonując w finale w Gold Coast faworytkę publiczności, Samanthę Stosur. Wkrótce awansowała do ćwierćfinału Australian Open. W Charleston i Berlinie zagrała w półfinałach; w tym drugim występie eliminując Kim Clijsters i Swietłanę Kuzniecową. Została wicemistrzynią w zawodach pierwszej kategorii w Rzymie, pokonała tam Mariję Szarapową. W lipcu dodała do swojej kolekcji dziewiąty profesjonalny tytuł, wygrywając w Cincinnati. Jesienią wystąpiła w finałach w Zurychu i Linzu; ponownie zakwalifikowała się do Mistrzostw WTA, ale nie przeszła fazy grupowej.
W 2006 była wicemistrzynią w Charleston (przegrała z Nadią Pietrową) i Stanford (uległa Kim Clijsters); sześciokrotnie grała w półfinałach. Cały sezon spędziła w czołowej dziesiątce rankingu WTA. W 2007 zakończyła na finałach rywalizację w San Diego i Linzu; w Dosze bliska była pokonania Justine Henin;