16 kwietnia 1991 Škoda dołączyła do grupy Volkswagena - planowano już rozpoczęcie produkcji Felicii, dlatego produkcję modelu Favorit zrestrukturyzowano. Do sprzedaży wprowadzono model 135 Le/LSe – oprócz elektrycznie sterowanego gaźnika Pierburg Ecotronic, wyposażony był w katalizator, który rok później zaczęto także montować w wersji podstawowej z 57-konnym silnikiem. W roku 1991 model Favorit przeszedł także pierwszy face lifting (wprowadzono kosmetyczne zmiany, zmodernizowano atrapę chłodnicy). Zaprzestano montażu silnika 136, który, zmodernizowany, po roku trafił ponownie do produkcji. Škody do 1993 roku produkowano w dwóch wersjach wyposażenia L (lux) i LS (super lux). Wyposażenie dodatkowe w wersji LS: obrotomierz, przednie światła przeciwmgielne, wygodniejsze fotele z pełnymi zagłówkami, instalacja radiowa, dzielona tylna kanapa, wycieraczka szyby tylnej ze spryskiwaczem, kontrolka hamulca postojowego, elektroniczny zegarek.