W roku 1993 w wyniku współpracy z Volkswagenem w modelu Favorit zmodernizowano pierwotnie stosowane silniki. Wprowadzono jednopunktowy wtrysk paliwa firmy Bosch. Modele z tym silnikiem miały w nazwie wersji wyróżnik "i". Znów pojawił się silnik 136. Tych jednostek napędowych używano później w produkcji Škoda Felicii. Aut napędzanych tymi silnikami nie importowano oficjalnie do Polski. W tym roku Škodę Favorit poddano kolejnemu, ostatniemu już, face liftingowi (zmodernizowano m.in. tablicę przyrządów, i po raz kolejny atrapę chłodnicy, zmieniono kolor deski rozdzielczej, zegary, obicia tapicerskie drzwi, piasty kół). Zmieniono także dotychczasowe oznaczenia wersji wyposażenia L i LS na LX i GLX.
Na bazie modelu Favorit powstały dwie pokrewne wersje nadwoziowe: kombi o nazwie Forman i pick up – Škoda Pick-up.
W latach 1988–1995 wyprodukowano 783 167 egzemplarzy. W roku 1994 w miejsce modelu Favorit wprowadzono auto o podobnych parametrach – Škodę Felicię.