Tadeusz Pakuła był zatrudniony na części etatu jako profesor na Uniwersytecie Adama Mickiewicza w Poznaniu, a od 1995 roku do końca życia był zatrudniony na Wydziale Chemicznym Politechniki Łódzkiej, gdzie w 1996 roku uzyskał tytuł naukowy profesora w dziedzinie chemii.
Działalność naukowa i dydaktyczna profesora Tadeusza Pakuły w Zakładzie Fizyki Polimerów Politechniki Łódzkiej zaowocowała rozpoczęciem w tym zakładzie (przekształconym w 1999 r. w Katedrę Fizyki Molekularnej) nowej dziedziny badań – symulacji komputerowych dynamiki molekularnej. Nadal współpracował również z Centrum Badań Molekularnych i Makromolekularnych PAN w Łodzi. Dzięki prof. Pakule możliwa była ścisła współpraca łódzkich naukowców z Instytutem Maxa Plancka w Moguncji, dzięki czemu możliwe było wykonywanie badań technikami niedostępnymi wówczas w Polsce.
Profesor Tadeusz Pakuła współpracował również z innymi czołowymi ośrodkami naukowymi badań polimerów na świecie, między innymi w Grecji, Francji, Włoszech, USA, Kanadzie, Japonii i Chinach, a na szczególne wyróżnienie zasługuje wieloletnia i bardzo owocna współpraca ze światowej sławy naukowcem, prof. Krzysztofem Matyjaszewskim z Carnegie Mellon University w Pittsburghu w USA.