Z analiz materiału genetycznego wynika, że linia naczelnych powstała jeszcze przed granicą kreda-trzeciorzęd, około 63-74 milionów lat temu.
Rząd naczelnych tradycyjnie dzielono na dwie podgrupy: małpiatki i małpy właściwe. Małpiatkom przypisywano w większym stopniu cechy najwcześniejszych naczelnych. Zaliczano do nich Lemuridae z Madagaskaru, Lorisidae i Tarsiidae. Małpy właściwe obejmowały małpy zwierzokształtne, małpy człekokształtne i człowiekowate. Obecnie taksonomowie preferują podział na dwa podrzędy Strepsirrhini, w skład których weszły dawne Prosimia oprócz Tarsiidae, oraz Haplorrhini, obejmujące Tarsiidae, jak też dawne małpy właściwe.
Małpy właściwe dzielą się znów na dwie grupy: małpy wąskonose, małpy Starego Świata zamieszkujące pierwotnie Afrykę i Azję południowo-wschodnią, oraz małpy szerokonose, małpy Nowego Świata zamieszkujące Amerykę Środkową i Południową. Przedstawiciele wąskonosych to pawiany, makakowate, gibbony i człowiekowate, zwane też wielkimi małpami. Do szerokonosych należą kapucynki, czepiakowate, oraz pazurkowce. Ludzie to jedyni współcześni przedstawiciele wąskonosych, którym udało się skolonizować rozległe tereny innych kontynentów poza Afryką i Azją, ale dowody kopalne wskazują na to, że w przeszłości pewne gatunki zamieszkiwały Europę.