W wyniku działań wojennych musiała wraz z mężem uciekać na wschód. Początkowo przebywali na Podolu, ale Stefan Gumiński został aresztowany przez NKWD i po uratowaniu go z kolumny mężczyzn prowadzonych do Katynia, wrócili przez zieloną granicę do Generalnego Gubernatorstwa. Do końca niemieckiej okupacji przebywali w majątku Gumińskich w Dzierążni zajmując się uprawą roli. Kiedy po zakończeniu działań wojennych w 1944 roku mąż Zofii Gumińskiej został aresztowany za działalność w Armii Krajowej, ponownie podjęła starania uwolnienia go i dzięki wstawiennictwu znajomego prawnika udało się wydostać go z więzienia.
Na krótko zamieszkała w Lublinie, dokąd Bronisław Niklewski, jeden z organizatorów Uniwersytetu Marii Curie-Skłodowskiej, sprowadził ją i zięcia. Po roku wraz z rodziną przeprowadziła się do Poznania. Od grudnia 1945 do listopada 1948 pracowała jako asystentka w Zakładzie Warzywnictwa Wydziału Rolniczo-Leśnego Uniwersytetu Poznańskiego. W 1948 roku przeniosła się z mężem do Wrocławia, gdzie kontynuowała działalność naukową. Od 1 grudnia 1948 rozpoczęła pracę jako starszy asystent w Ogrodzie Botanicznym Uniwersytetu Wrocławskiego.