Autor książki Odkrywanie czarownic (The discovery of witches), w której twierdził, że niedaleko swojego domu w Mannigtree odkrył sektę czarownic, która rzekomo składała ofiary diabłu i porozumiewała się z chochlikami.
Większość osób oskarżonych i straconych przez Hopkinsa stanowiły starsze kobiety hodujące zwierzęta domowe. Jego pierwszą ofiarą była Elizabeth Clarke, której matka wiele lat wcześniej została oskarżona o uprawianie czarów i powieszona. Hopkins kazał ją wtrącić do aresztu i trzymać bez jedzenia i snu przez trzy doby, przez co Clarke przyznała się, że jest czarownicą, oraz wskazała swoje rzekome wspólniczki: Ann West, jej córkę Rebeccę, Anne Leech, Helen Clarke i Elizabeth Gooding. Podczas prowadzenia dalszego „śledztwa” Hopkins doszedł do wniosku, że w tę sprawę zamieszane były 32 osoby; spośród nich 29 stracono w 1645 w Chelmsford.
Mimo że od 1639 tortury były w Anglii zakazane, Hopkins często przywiązywał podejrzane osoby ze skrzyżowanymi nogami do stołka lub krzesła na całą dobę, a także głodził i pozbawiał snu.