Hiszpanie używali licznych wysp w obrębie rafy do gromadzenia słodkiej wody oraz naprawy statków. W XVII wieku rejony te stały się domem dla piratów i korsarzy, którzy atakowali hiszpańskie i brytyjskie statki handlowe. W późniejszym okresie wielu z piratów, jak również purytańskich kupców z Wybrzeża Moskitów osiedliło się na stałe na wyspach rafy koralowej, stając się rybakami i plantatorami. Później na obszar rafy napływali Garifuna, a także imigranci z Meksyku.

Zagrożenia i ochrona 300px|thumb|right|Fregaty i mewy karaibskie w pobliżu Silk Caye Do głównych zagrożeń dla istnienia rafy koralowej zalicza się rybołówstwo, sedymentację osadów, stosowanie nawozów sztucznych, odprowadzanie ścieków do morza oraz wydobycie surowców naturalnych. W 1998 roku w Belize funkcjonowało 2 tysiące rybaków, korzystających z 350 łodzi rybackich. Najchętniej łowi się w tych rejonach homary i ślimakiSpalding, Ravilious & Green, str. 119-120. Niebezpieczne dla rozwoju rafy koralowej jest także rozprzestrzenianie się w jej rejonie gatunku inwazyjnego - charakterystycznych dla Oceanu Indyjskiego i Spokojnego ryb z rodzaju pterois (skrzydlice).