Częściowy brak łusek uważa się za przydatną cechę w odróżnianiu krokodyli różańcowych w niewoli lub w nielegalnym handlu skórami, odróżnianiu takiemu służy jeszcze kilka innych miejsc na ich ciele.
Duże, masywne ciało dorosłych krokodyli różańcowych kontrastuje ze szczupłą posturą większości innych krokodyli, co prowadziło do błędnego założenia, zgodnie z którym zwierzę miało być aligatorem.
Krokodyl różańcowy ma bardzo dużą głowę. Największa czaszka tego gatunku, której pochodzenie potwierdzono naukowo, znajduje się w Muzeum Historii Naturalnej w Paryżu, do którego trafiła z Kambodży. Czaszka tego okazu ma długość 76 cm (czaszki samic przekraczające 45 cm długości należą do rzadkości), szczęka długość 98,3 cm i maksymalną szerokość 48 cm (przy podstawie czaszki). Nie wiadomo jak doszło do osiągnięcia przez osobnika takich rozmiarów, jednak bazując na proporcjach długości czaszki do długości ciała znacznej ilości zbadanych krokodyli różańcowych, długość tego osobnika musiała wynosić około 7 metrów. Gatunek ten to największy żyjący współcześnie krokodyl i gad.