Inne krokodylowate mogą mieć proporcjonalnie dłuższe czaszki, mianowicie gawial gangesowy (Gavialis gangeticus) i krokodyl gawialowy (Tomistoma schlegelii), długość czaszki drugiego z nich liczy do 84 cm (największa autentyczna czaszka krokodyla spośród żyjących gatunków), jednak oba te wąskopyskie gatunki posiadają mniej masywną czaszkę i znacznie mniejsze ciało niż krokodyl różańcowy. Krokodyl różańcowy ma długie zęby, przy czym największy ząb jaki został zmierzony miał 9 cm długości (przedni czwarty ząb dolnej szczęki). Głowa dużej samicy oddzielona od reszty ciała może przekroczyć 200 kg, łącznie z dużymi mięśniami i ścięgnami u podstawy czaszki odpowiedzialnymi za bardzo dużą siłę z jaką zaciska szczęki.
Młode krokodyle różańcowe są barwy bladożółtej z czarnymi pasami i plamami na ciele i ogonie. Ubarwienie to pozostaje na kilka lat zanim krokodyl zostanie dojrzałym osobnikiem. Dorosłe osobniki mają znacznie ciemniejszą barwę, będącą kompozycją ciemnej zieleni i szarości, z rzadka usianymi płatami jaśniejszych brązów i szarości. Znanych jest wiele różnych typów ubarwień, przy czym niektóre dorosłe osobniki zachowują całkowicie jasną skórę, podczas gdy inne są tak ciemne, iż wydają się czarne. Strona brzuszna jest biała lub żółta i pozostaje taka przez całe życie krokodyli różańcowych.