Badanie eksperymentalne naprzemienne także badanie skrzyżowane (ang. crossover study) – rodzaj badania klinicznego, w którym każdy jego uczestnik otrzymuje (naprzemiennie) zarówno leczenie eksperymentalne, jak i kontrolne w określonej kolejności i o określonym czasie trwania. Kolejność terapii może, lecz nie musi być ustalona losowo. Badanie naprzemienne najlepiej sprawdza się w małej grupie pacjentów cierpiących na stabilną, chroniczną chorobę, w której efekt leczenia jest odwracalny – pacjent może powrócić do stanu sprzed interwencji. W tego typu badaniach pacjenci stanowią kontrolę dla siebie samych co oznacza porównanie o większej precyzji, a w związku z tym liczba uczestników wymaganych do przeprowadzenia badania jest mniejsza niż w przypadku układu równoległego.
Zastosowanie Ten rodzaj badania znajduje zastosowanie w wielu dyscyplinach naukowych m.in. w psychologii, edukacji, farmakologii i medycynie, a także w pracach badawczych z dziedziny rolnictwa i hodowli zwierząt, przemysłu i badaniach konsumenckich.
W farmaceutyce układ naprzemienny jest najczęściej stosowany we wczesnych fazach badań nad lekiem (I-II), np. eskalacja dawki, farmakokinetyka, farmakodynamika, bioekwiwalencja.