Istnieją także "niekompletne" warianty badania naprzemiennego, w których ta równowaga nie jest zachowana.
Analiza Dane są analizowane za pomocą metod statystycznych określonych w protokole próby klinicznej zatwierdzonym przez odpowiednie Komisje Bioetyczne i odnośne władze. Większość badań klinicznych jest analizowana za pomocą analizy wariancji (ANOVA) lub mieszanych modeli z efektami losowymi.
W większości długoterminowych badań klinicznych pacjenci mogą wycofać się z badania lub stać się utraconymi dla potrzeb obserwacji (np. z powodu przeprowadzki za granicę lub śmierci z powodu innej choroby). Istnieją metody statystyczne odpowiednie do pracy z takimi brakującymi danymi i obserwacjami uciętymi (cenzorowanymi). Ważną metodą analizy danych jest analiza intencji leczenia (ITT).
Testowania różnic między średnimi w dwóch próbach sparowanych danych można dokonać stosując sparowany test t-Studenta (dla prób zależnych), który bierze pod uwagę fakt, że obserwacje pochodzą od jednego pacjenta. Obliczana jest różnica pomiędzy pierwszą i drugą zmienną (pomiarem), z której powstaje jedna próbka różnic.