Układ naprzemienny może zostać poszerzony np. o więcej niż dwie terapie lub więcej niż dwie sekwencje przypisane jednemu pacjentowi (np. 2×4 AABB/BBAA lub 4×2 AA/BB/AB/BA lub 3×3 ABC/BCA/CAB). W badaniu porównującym dawki leku układ przedstawiany jest jako p×q, gdzie p oznacza sekwencję badanych terapii, a q – różne okresy dawek.
Pomiędzy okresami leczenia wprowadza się przerwę – okres całkowitej eliminacji leku z ustroju (ang. washout period), w którym nie jest stosowana żadna z badanych terapii lub podawane jest placebo. Okres ten powinien być wystarczająco długi, aby ustał efekt działania terapii podawanej w pierwszym okresie, a stan pacjenta wrócił do sytuacji wyjściowej. Służy to zniwelowaniu efektu przeniesienia. Należy również wziąć pod uwagę, czy stosowanie takiej przerwy jest etyczne.
Większość badań naprzemiennych zachowuje równowagę pomiędzy grupami, co oznacza, że wszyscy pacjenci powinni otrzymać taką samą liczbę terapii i uczestniczyć w tej samej liczbie okresów leczenia. Również w większości prób naprzemiennych każdy uczestnik otrzymuje wszystkie rodzaje porównywanych terapii.