Około połowy XV wieku, prawdopodobnie po śmierci Ulrica de Torrenté (zm. 1445), doszło do definitywnego podziału burgundzko-lotaryńskiej prowincji na trzy pomniejsze okręgi inkwizytorskie: Lotaryngię (obejmująca diecezje Metz, Toul i Verdun), archidiecezję Besançon oraz okręg frankoszwajcarski, obejmujący diecezje Lozanny, Sionu i GenewyVidal, s. XV; por. Lea, II, s. 138, 141; Calmet, col. 546.. Pierwszym znanym inkwizytorem wyznaczonym specjalnie dla archidiecezji Besançon był Pierre de Cerney, udokumentowany na urzędzie w 1457Mémoires et documents inédits pour servir à l’histoire de la Franche-Comté, Besançon 1876, s. 274..
W latach 20. XVI wieku we Franche-Comté doszło do pierwszych procesów przeciwko zwolennikom reformacji, w których brali udział także inkwizytorzyMonter (2002), s. 52.. Jednak już w 1534 parlament Franche-Comté przejął od sądów kościelnych jurysdykcję w sprawach o herezjęMonter (2002), s. 55.. Pięć lat później parlament zastrzegł, że wszelkie akcje przeciwko konkretnym osobom inkwizytor powinien podejmować pod nadzorem świeckich urzędników oraz arcybiskupa lub jego przedstawiciela.