Pomimo że przeorowie dominikańskiego konwentu w Besançon nadal, z powołaniem na bullę Innocentego IV z 1247, uważali się ex officio za papieskich inkwizytorów, w praktyce zostali podporządkowani arcybiskupowi Besançon, a ich kompetencje ograniczone zostały do spraw heretyckiej magii, natomiast wyłączeni zostali całkowicie z procesów przeciwko protestantomFebvre, s. 407–409..
W 1568 papież Pius V wydał dwie bulle tworzące stały trybunał inkwizycyjny z Besançon, podporządkowany Kongregacji Świętego Oficjum w Rzymie. W pierwszej z nich mianował dominikanina Jeana Montota na inkwizytora generalnego oraz Simona Digny na jego asystenta. W drugiej nadał nowemu trybunałowi część dochodów archidiecezji. Inkwizytor Montot objął urząd w 1569 za zgodą parlamentu. Jednakże bulle Piusa V zrealizowano tylko częściowo. Utrzymano bowiem w mocy ograniczenia nałożone na inkwizytorów w latach 1534–1539Febvre, s. 410–414.. Mimo to, urząd inkwizytora generalnego Besançon cieszył się dużym prestiżem w zakonie dominikańskim. W wewnątrzzakonnej klasyfikacji trybunałów inkwizycyjnych zakonu dominikańskiego trybunał ten zaliczany był do pierwszej (najwyższej) klasyDel Col, s. 745..