Jeden z miejscowych inkwizytorów, dominikanin Pierre Symard, odegrał dużą rolę w polowaniach na czarownice we Franche-Comté w latach 1657–1659. Działania te spotkały się jednak z dezaprobatą Kongregacji Świętego Oficjum, która odwołała go ze stanowiskaWilliam E. Burns (red.): Witch hunts in Europe and America: an encyclopedia. Greenwood Publishing Group 2003, s. 104..
Trybunał inkwizycji w Besançon został zniesiony po zajęciu miasta przez Francję w 1674. Ostatniemu inkwizytorowi Louisowi Buhon pozwolono jednak na dożywotnie zachowanie tytułu inkwizytora i związanych z tym urzędem beneficjówAristide Déy, Histoire de la sorcellerie au Comté de Bourgogne, w: Mémoires de la Commission d’archéologie, tom 2, Vesoul, 1861, s. 43..
Inkwizytorzy generalni Besançon (1568–1674) Jean Montot OP (1568–1600)Febvre, s. 407–408. Dominique Dambert OP (1603–1623)Dey, s. 38–43. Jean Desloix OP (1623–1649) Pierre Symard OP (1649–1663) Dominique Vernerey OP (1663–1668) Guillaume Cournaux OP (1668–1672) Louis Buhon OP (1672–1674, zm.