Wyniki prac archeologicznych prowadzonych w największym z miast dawnej cywilizacji – Altun Ha sugerują, że do upadku cywilizacji przyczynić się mogła rebelia o podłożu klasowym.
Na początku XVI wieku terytorium Belize zamieszkane było przez potomków Majów, między innymi przez ludy Mopan i Manche Ch'ol.
Kolonizacja Okres hiszpański thumb|Czwarta wyprawa Krzysztofa Kolumba z lat 1502–1504 Czwarta wyprawa Krzysztofa Kolumba w 1502 roku dotarła do Zatoki Honduraskiej. Rejs wzdłuż wschodnich wybrzeży Jukatanu odbyli kilka lat później nawigatorzy Kolumba – Juan Díaz de Solís i Martín Alonso Pinzón. Hernán Cortés dotarł do południowo-zachodniego Belize w 1525 roku, zaś próby włączenia półwyspu do hiszpańskiego imperium kolonialnego rozpoczęły się dwa lata później. Tereny Belize okazały się bardzo trudne do kontrolowania. Stały się one terenem ucieczki ludności indiańskiej z terenu półwyspu, co jednak sprzyjało rozprzestrzenianiu się czarnej ospy i żółtej gorączki. Choroby te, wraz z występującą w Belize malarią, zdziesiątkowały ludność regionu. W XVII wieku dochodziło do rebelii Majów przeciwko zwierzchności hiszpańskiej, na co kolonizatorzy odpowiadali przesiedleniem osad indiańskich na tereny Gwatemali.