Cios obecności hiszpańskiej we wschodnim Jukatanie zadali piraci, którzy w 1642 i 1648 roku złupili miasto Salamanca de Bacalar, doprowadzając tym do jego opuszczenia. Hiszpanie walki z buntującymi się belizeńskimi Majami prowadzili do początków XVIII wieku.
Konflikt angielsko-hiszpański Na terenie Belize od około 1630 roku zaczęły powstawać angielskie osady drwali przybyłych z Jamajki. Zaludnione były głównie przez czarnoskórych niewolników, którzy trudnili się produkcją mahoniu oraz kampeszu. Wyprodukowane drewno trafiało do Anglii przez Jamajkę. W związku z napływem nowych drwali zaczęły również tworzyć się osiedla produkujące żywność na ich potrzeby. Wobec rozrostu faktorii zaczęło dochodzić do konfliktów między Anglią a Hiszpanią. Anglicy uznawali przynależność Belize do hiszpańskiego imperium kolonialnego, rościli sobie jednak prawa do prowadzenia wyrębu na tym terytorium. Konflikty te osiągnęły swoje apogeum w XVIII wieku, mimo że Hiszpanie w 1713 roku uznali angielskie prawa do faktorii. W latach trzydziestych usunęli oni Anglików z terenów Belize, jednak w 1742 roku koloniści powrócili do swoich osiedli zajmując przy okazji wyspę Roatán. Po trzech latach starć granicznych wojska hiszpańskie opanowały ponownie Belize w 1753 roku, koloniści i tym razem jednak wrócili po wycofaniu się przeciwnika.