Przez cały okres kolonialny Panama była centrum transportowym oraz ośrodkiem wymiany handlowej. Przez przesmyk przechodziło srebro zrabowane przez Pizarra w czasie podboju państwa Inków. Następstwem tej sytuacji kolonia znacznie się wzbogaciła, co też przyciągnęło do niej angielskich piratów, usiłujących złupić ją w drugiej połowie XVI i w całym XVII wieku. Organizowane do Panamy konwoje nazywano Galeonami. Towary z Porto Belo docierały nad wybrzeże Pacyfiku, po czym transport kontynuowany był drogą morską do Ameryki Południowej. Następnie lądem dostarczano towary w głąb kontynentu – tak na przykład z Limy ładunki przewożone były do Buenos Aires znajdującego się nad Atlantykiem. W połowie XVIII wieku Galeony zostały zastąpione przez statki rejestrowane, które kursowały pojedynczo między Europą a Nowym Światem. Mogły one korzystać z otwartych portów, co ułatwiało im dotarcie do Ameryki Południowej innymi szlakami. Doprowadziło to do kryzysu w Panamie.
W granicach Kolumbii Panama ogłosiła niepodległość 28 listopada 1821 roku.