Jednocześnie postanowiono o włączeniu nowego państwa w skład Wielkiej Kolumbii.
thumb|left|Mapa Wielkiej Kolumbii w 1824 roku; w czerwonych konturach terytorium kolumbijskie przed secesją Panamy Pierwszą ważniejszą rebelią, która miała miejsce na terytorium przesmyku, poprowadził bliski współpracownik Simóna Bolívara – José Domingo Espinar. Jako Mulat uzyskał znaczne poparcie wśród biednej, kolorowej populacji departamentu. Udało mu się przejąć kontrolę nad miastem Panamą i ogłosić niepodległość 26 września 1830 roku. Wydarzenie to spotkało się z opozycją ze strony bogatej ludności białoskórej, która obawiając się powtórzenia rasowej przemocy z rewolucji haitańskiej poprosiła o pomoc wojska kolumbijskie. Rebelię tę zakończył w drugiej połowie 1831 roku kolumbijski pułkownik Juan Eligio Alzuru.
W latach pięćdziesiątych XIX wieku wzmogły się w Panamie nastroje decentralistyczne. Liderem ruchu separatystów był Justo Arosamena. Przyczyną niezadowolenia Panamczyków było to, że większa część dochodów z transportu przez przesmyk odsyłana była do Kolumbii w ramach podatków. Nasiliło się to zwłaszcza po wybudowaniu przez USA linii kolejowej łączącej brzegi obu oceanów rozdzielanych przez Przesmyk Panamski.