Jesienią 1939 po powrocie do Poznania został zaprzysiężony do organizacji Ojczyzna przez por. Stefana Adama Schmidta. W końcu 1939 został zaprzysiężony do Służby Zwycięstwu Polsce przez por. Czesława Surmę. Od jesieni 1939 będąc osobistym lekarzem biskupa Walentego Dymka współpracował z nim w tworzeniu Kościoła Podziemnego.
W marcu 1940 ppłk Rudolf Ostrihansky powołał Pierwszą Komendę Poznańskiego Związku Walki Zbrojnej (ZWZ). W skład Komendy Okręgu wszedł m.in. Franciszek Witaszek. Wówczas ponownie został zaprzysiężony przez Ostrihanskyego i mianowany do stopnia kapitana czasów wojny. Komenda Okręgu zawierała wszystkie piony organizacyjne ZWZ a Witaszkowi powierzono dowodzenie III Wydziałem sanitarnym.
Rozkazem płk. Roweckiego z 20 kwietnia 1940 r. z ZWZ wyodrębniony został Związek Odwetu jako osobny pion sabotażowo-dywersyjny do prowadzenia walki bieżącej i posiadający własną sieć łączności. W czerwcu 1940 Witaszek został Pierwszym Szefem Związku Odwetu Okręgu Poznań. Okręg Poznań obejmował tereny Wielkopolski wcielone do III Rzeszy.