Władze okupacyjne zezwoliły dr. Witaszkowi na prowadzenie praktyki lekarskiej dla Polaków, dlatego mógł ich leczyć i potajemnie szczepić przeciw chorobom zakaźnym. Przyjmowanie pacjentów w gabinecie lekarskim i wizyty domowe ułatwiały mu działalność konspiracyjną i stanowiły przykrywkę do wykonywania rozkazów ppłk. Franciszka Niepokólczyckiego, któremu bezpośrednio podlegał.

Najprawdopodobniej istotnym elementem działalności zespołu dra Witaszka była produkcja trucizn, których używano do uśmiercania wyselekcjonowanych Niemców i kolaborantów; konsekwentnie zaprzeczała temu po wojnie Mariola Witaszek-Malinowska, córka Franciszka. mały|269x269px|Płyta nagrobna Franciszka Witaszka na Cmentarzu Bohaterów Polskich. We wspólnym grobie złożone zostały szczątki innych działaczy Związku Odwetu – Soni Górznej, Henryka Günthera oraz Heleny Siekierskiej. Został aresztowany przez Gestapo 25 kwietnia 1942 po czym został skazany przez Policyjny Sąd Doraźny w Poznaniu na karę śmierci przez ścięcie. Oferowano mu łaskę w zamian za współpracę; nie zgodził się. Wyrok wykonano w Forcie VII w Poznaniu 8 stycznia 1943. Wraz z nim zginęło również 30 członków organizacji – 24 mężczyzn i 6 kobiet. Ich ciała spalono;