Przypuszcza się, że osada z okresu Ubajd miała rozmiary około 10 ha (25 akrów), co czyniło ją jednym z większych osiedli w tym okresie.
Powyżej warstwy z okresu Ubajd, a poniżej warstw ze śladami osadnictwa z IV tys. p.n.e., odkryta została gruba, naturalna warstwa pozbawiona wszelkich śladów osadnictwa, która – jak sądzono – powstać musiała z materiału naniesionego przez wodę. Warstwa ta szybko nazwana została „warstwą potopu” i uznana za dowód na prawdziwość biblijnego potopu. Obecnie jednak wiadomo, że warstwa ta powstała w wyniku jednej z wielu lokalnych powodzi, które regularnie nawiedzały Mezopotamię.
Okres Uruk i Dżemdet Nasr (ok. 3900–2900 p.n.e.) Pozostałości z okresu Uruk i okresu Dżemdet Nasr są nieliczne, ale pozwalają wysunąć opinię, że Ur pozostało ważnym ośrodkiem w regionie. Wykopaliska wokół późniejszego zigguratu odsłoniły pochodzący z okresu Uruk taras świątynny o ścianach zbudowanych z charakterystycznych dla tego okresu tzw. cegieł Riemchen. W innych miejscach na stanowisku odkryto piece garncarskie z leżącymi wokół nich licznymi fragmentami ceramiki. Odkryto również fragment dużego cmentarzyska. Woolley wydatował znalezione w nim groby na okres Dżemdet Nasr, ale obecnie uważa się, że pochodzą one z przedziału czasowego od okresu Uruk do okresu wczesnodynastycznego II.