W Nowoczerkasku arcybiskup wdał się w romans z księżną Dołgoruką i miał z nią nieślubną córkę. Popadł również w konflikt z atamanem Wojska Dońskiego, który domagał się odwołania go z katedry. Prośby te zostały pozytywnie rozpatrzone i w 1915 arcybiskup został skierowany na katedrę penzeńską, znacznie mniej prestiżową. Za samowolę w zarządzaniu administraturą w 1918 Święty Synod pozbawił go godności biskupiej, utrzymując jednak w mocy jego postrzyżyny mnisze. Nie podporządkował się tej decyzji i zaczął organizować w Penzie niezależne struktury cerkiewne. Wówczas został usunięty z Cerkwi.
Niekanoniczne Cerkwie Włodzimierz (Putiata) przystąpił w 1922 do ruchu odnowicielskiego. Został biskupem saratowskim w jurysdykcji Żywej Cerkwi, a następnie biskupem penzeńskim. Następnie złożył akt pokutny przed metropolitą Sergiuszem, zastępca locum tenens Patriarchatu Moskiewskiego. Dwukrotnie ubiegał się o przywrócenie godności biskupiej, jednak Święty Synod za każdym razie odmawiał, uznając jego pokutę za nieszczerą. Bez powodzenia starał się następnie o zgodę na wyjazd do Stambułu.