Festiwal w swoim założeniu nie ogranicza się do prezentacji twórczości określonego kompozytora, gatunków muzycznych, epoki czy kręgu kulturowego. Jedyną klamrą spajającą wydarzenia muzyczne są zabytkowe wnętrza krakowskich kościołów, klasztorów, pałaców i sal koncertowych. To z myślą o konkretnych lokalizacjach rodzą się pomysły koncertów. W repertuarze festiwalu oprócz dzieł europejskiej klasyki muzycznej, muzyki dawnej, nierzadko można znaleźć dzieła i wykonawców odwołujących się do odległych, egzotycznych kultur i tradycji.
„Muzyka w Starym Krakowie” jest festiwalem wykonawczym, to wykonawcy sugerują program, który najlepiej odzwierciedla ich muzyczne gusty i upodobania. Zasadą festiwalu jest także zachowanie różnorodności form i gatunków muzycznych w każdej z edycji. Festiwal „Muzyka w Starym Krakowie”, jako jedno z pierwszych cyklicznych wydarzeń muzycznych w Polsce, wykorzystywał przestrzenie świątyń katolickich do koncertowania. Festiwal przyczynił się do upowszechnienia nocnej iluminacji Krakowa.