W ramach festiwalu oświetlano Ołtarz Mariacki i Witraż Sąd Ostateczny w bazylice Ojców Franciszkanów. Od początku swojego istnienia do 2009 festiwal „Muzyka w starym Krakowie” był związany instytucjonalnie z zespołem i instytucją kultury Capella Cracoviensis.
Od 2010 organizatorem festiwalu jest Fundacja dla Realizacji Siedziby Capellae Cracoviensis. W 2014 powstał zainspirowany wzorem „Muzyki w Starym Krakowie” festiwal „Muzyka w Starym Lwowie” (Музика в старому Львові).
Lokalizacje koncertów Ważną rolę w kolejnych edycjach „Muzyki w Starym Krakowie” odgrywa lokalizacja wydarzeń festiwalowych. Znane krakowskie zabytki i obiekty o szczególnej wartości kulturowej, w których odbywają się koncerty festiwalowe, to między innymi:
katedra królewska na Wawelu bazylika Mariacka w Krakowie opactwo Benedyktynów w Tyńcu kościół św. Piotra i Pawła w Krakowie bazylika Ojców Franciszkanów w Krakowie bazylika Ojców Dominikanów w Krakowie kościół Bernardynów w Krakowie bazylika Ojców Paulinów na Skałce bazylika Ojców Jezuitów bazylika Ojców Karmelitów kościół Sióstr Norbertanek Collegium Maius Uniwersytetu Jagiellońskiego Collegium Novum UJ Stara Synagoga synagoga Tempel w Krakowie synagoga Kupa synagoga Izaaka kościół ewangelicki św. Marcina kolegiata św. Anny kościół św.