Rozsławiła go jednak przede wszystkim twórczość beletrystyczna. Jego wielopłaszczyznowe i kunsztownie skonstruowane powieści mają cechy dzieła otwartego, stymulują odbiorcę do własnej interpretacji. Był także autorem felietonów, pierwotnie publikowanych w mediolańskim tygodniku „l’Espresso”, a następnie wydanych w zbiorach Zapiski na pudełku od zapałek.
Był założycielem wydziału studiów medioznawczych w Uniwersytecie San Marino, a także wieloletnim dyrektorem Scuola Superiore di Studi Umanistici oraz członkiem honorowym Kellogg College na Uniwersytecie Oksfordzkim. Od 2010 był członkiem zwyczajnym Accademia dei Lincei. Eco został uhonorowany licznymi tytułami doktora honoris causa (do 2005 było ich 32), między innymi przez Akademię Sztuk Pięknych w Warszawie (1996) i Uniwersytet Łódzki (2015).
Zmarł na raka trzustki. Jego świecki pogrzeb odbył się 23 lutego 2016 w Zamku Sforzów w Mediolanie.
Życie prywatne Jego żoną była Renate Ramge, z którą miał dwójkę dzieci.
Podczas studiów Eco został ateistą, później współtworzył włoską organizację sceptyków.
Był bibliofilem, w swoim domu w Mediolanie zgromadził trzydzieści tysięcy książek.