26 lipca 1511 na sejmie w Brześciu Litewskim król Polski Zygmunt Stary nadał Nowogródkowi lokację na prawie magdeburskim. W 1537 szlachta litewska zbiera się w Nowogródku przed wyruszeniem pod Lwów na wyprawę wołoską, zakończoną „wojną kokoszą”.

I Rzeczpospolita Po unii lubelskiej (1569) do rozwoju miasta przyczyniły się odbywające się w nim od 1581 sesje „ruskiej” kadencji Trybunału Głównego Wielkiego Księstwa Litewskiego. Obrady w Nowogródku odbywały się co dwa lata (na przemian z Mińskiem) przez 22 tygodnie. Dopiero w 1775 przeniesiono sesje Trybunału do Grodna.

W okresie silnego rozwoju reformacji Nowogródek był świadkiem publicznych debat katolików z arianami (1609) oraz kalwinami (9 stycznia 1616 roku jezuita z Nieświeża, ks. Benedykt Brywilias, dysputował z pastorem Janem Zygrowiuszem). Zbór kalwiński, powstały w połowie XVI w., został zamknięty w 1618.

Wraz z rozkwitem Nowogródka budowano nowe kościoły i klasztory;