jezuitów, bonifratrów (fundacji Kazimierza Lwa Sapiehy), bazylianek (1620) przy cerkwi unickiej (fundacji podkomorzego Adama Chreptowicza, w 1860 zabrany przez władze carskie na cerkiew prawosławną), unicka bazylianów (1636), franciszkanów (zabrany na cerkiew w 1845), dominikanek (skasowany po powstaniu styczniowym w 1863) i dominikanów (fundacja koniuszego Krzysztofa Chodkiewicza, do 1945 kościół parafialny), przy którym prowadzono szkołę, do której uczęszczał Adam Mickiewicz. W kościele tym Jan Rudomina, kasztelan nowogródzki, wzniósł marmurowy pomnik dziewięciu towarzyszy broni poległych pod Chocimiem w 1621.
Podczas wojen kozackich (1648–1654) oddziały Chmielnickiego i Tatarzy najeżdżali okolice Nowogródka. Kolejne inwazje – armii moskiewskiej Iwana Chowańskiego, a w 1654 i szwedzkiej, powtórzonej także rok później, spowodowały olbrzymie straty. Zaczął się upadek miasta. W 1676 kolejne dwa przywileje nadał król Jan III Sobieski. thumb|Ruiny zamku, zniszczonego w XVIII w. oraz fara Witoldowa po przebudowie w XVIII w. – widok z XIX w. Pod koniec XVII w. szlachta z Nowogródka zwróciła się do króla z prośbą o zastąpienie w kancelarii Wielkiego Księstwa Litewskiego języka ruskiego językiem polskim. Sejm spełnił tę prośbę w 1696. W końcu XVII w.